にき

まずWindows98の起動FDを用意します（２枚組のはす）
準備として、２枚めのFDにFDISK.EXE と SMARTDRV．EXEをコピーしてください。FDISK.EXEは１枚めのFDにあります。SMARTDRV．EXEはググると見つかると思います

まず、この起動FDでMS−DOSを起動させる
MS-DOSプロンプトで、FDISKと打ちENTER
大容量デバイスか何とか言ってくるのでY
HDの領域を確保する（パーティションを切るならここで）

一旦FDISKを終了させ、再び起動FDで再起動をかける
（ここで、光学ドライブのサポート付きを選んで起動させること）
HDをフォーマットする
（Cドライブのフォーマットなら FORMAT C:）
MS-DOSプロンプトで、SMARTDRVと打ちENTER
Windows 2000のCD-ROMを光学ドライブにセット

光学ドライブに移動（例えば光学ドライブがEなら E：と入力しENTER）
（E：に表示が変わる）
cd I386 と入力しENTER
WINNT と入力しENTER
これで、Windows2000のセットアッププログラムが起動するはずです
後は、画面の指示にしたがってください

詳細はここにあります
「Windows XP のセットアッププログラムを MS-DOS から開始する方法」
（タイトルはXPですが、2000でも同じです。XPを2000と読み替えてください）
http://support.microsoft.com/kb/307848/ja

これでもダメならLinuxへどうぞ

追伸です
MS-DOSはUSBをサポートしないので、他の方の指摘のようにUBS接続のCD（DVD)ドライブを認識しません。
この場合は、HDを２つのパーティションに切って両方をフォーマット（FAT32）した後取り出し、別のパソコンでWindows2000のCD-ROMの中身をOSインストールしない方のバーティションにコピーした後、元のパソコンに戻して起動させる必要があると思います。
手順は同じで、光学ドライブに移動するのが、CD−ROM丸ごとコピーのパーティションのドライブになることが変更点です。

ふと思いついたのですが光学ドライブがUSBの場合、内蔵HDを取り出しても他のパソコンに接続する手段が無い場合、Windows98はドライバーさえあればUSBが使えますから、もしWindows98のリカバリーディスクがあるなら、

まずHDを98起動FDで起動し、FDISKで２つのバーティションに分ける
（２０Gなら、Cドライブ１９GとDドライブ１Gにでも）
同様にMS-DOSでFAT３２で、Cドライブをフォーマット
Windows98のリカバリーディスクでCドライブにWindows98をインストール
Windows98を起動し、Dドライブをフィーマット
Windows2000のCD−ROMの中身をDドライブへコピー
これでHDにCD-ROMの中身が移せます。
あとは、98起動FDからMS-DOSで起動し、Cドライブをフォーマットしてその後にWindodows2000をインストール

または、Cドライブ４G Dドライブ１５GさらにEドライブ１Gの３パーティションにして、同様にCドライブにWindows98をインストール、Windows2000のCD−ROMの中身をEドライブへコピーして、Windodows2000をDドライブにインストールし、デュアルブートにすることもできるかもしれません。

更に追伸
Win2000のCD−ROM中の全てのファイルです。念のためその時には、ウィンドウのツール＞フォルダーオプション＞表示で、全てのファイルとフォルダを表示するにした方がいいでしょう。

コピー先のHDDパーティションには、変なフォルダなどは作らず、まるごとコピーして、HDDパーティションを開いた時に表示される内容が、CD−ROMを開いたときと同じにした方がいいでしょう。

しかし惜しいですね、CDドライブ自体をお持ちで無いとは。
Win2000のCD−ROMの中身を、１GぐらいのUSBメモリにコピーしてくれる知り合いの方がいらっしゃればいいのですが。
あと、余談ですが、SPは、マイクロソフトのサイトからダウンロードできます（サポートは終わってますが、SPや修正バッチのファイルは残してあるはすです）

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